دوره بیوانفورماتیک مقدماتی؛ از جستوجوی ژن تا طراحی پرایمر و تحلیل توالی
کار با پایگاههای داده زیستی، NCBI، Ensembl، BLAST، طراحی پرایمر و تحلیل مقدماتی نتایج توالییابی را بهصورت حضوری، مرحلهبهمرحله و عملی یاد بگیرید؛ همراه با تمرینهای حین دوره، تحلیل پروندههای واقعی بیماران و اجرای یک پروژه پایانی.
- ۲۰ ساعت آموزش حضوری
- برگزاری کاملاً حضوری
- تمرینهای عملی حین دوره
- پروژه عملی پایان دوره
- پشتیبانی سهماهه
- ابزارها و پایگاههای بهروز
- پروندههای واقعی بیماران
- گواهی پایان دوره
- مناسب سطح مقدماتی
دوره حضوری
در این دوره چه یاد میگیرید؟
در پایان دوره، فقط با نام ابزارهای بیوانفورماتیک آشنا نیستید؛ میتوانید مسیر واقعی جستوجوی اطلاعات ژنتیکی، بررسی توالی، طراحی پرایمر و تحلیل مقدماتی نتایج را بهصورت عملی اجرا کنید.
یافتن اطلاعات معتبر یک ژن
اطلاعات ژن، ترنسکریپت مرجع، موقعیت ژنومی و رکوردهای معتبر را در پایگاههایی مانند NCBI و Ensembl پیدا و بررسی میکنید.
دریافت و بررسی توالیهای DNA و RNA
توالیهای ژنومی، mRNA و CDS را دریافت کرده و تفاوت آنها را بررسی میکنید تا توالی مناسب هدف پژوهشی را انتخاب کنید.
طراحی و ارزیابی پرایمر
برای PCR و توالییابی سنگر پرایمر طراحی کرده و پارامترهایی مانند اختصاصیت، دمای ذوب، طول محصول و احتمال اتصال غیراختصاصی را ارزیابی میکنید.
اجرای BLAST و تفسیر نتایج
جستوجوی توالی با BLAST را انجام داده و شاخصهایی مانند Identity، Query Cover، Alignment و E-value را بهصورت مقدماتی تفسیر میکنید.
این دوره برای چه کسانی مناسب است؟
این دوره برای افرادی طراحی شده است که میخواهند بیوانفورماتیک را از یک نیاز واقعی پژوهشی یا آزمایشگاهی شروع کنند و در طول آموزش، مهارتهای موردنیاز را بهصورت عملی به کار بگیرند.
دانشجویی که برای پایاننامه به طراحی پرایمر نیاز دارد
اگر برای پروژه یا پایاننامه خود باید توالی مناسب را پیدا کنید، پرایمر طراحی کنید و اختصاصیت آن را بررسی کنید، این دوره مسیر انجام کار را از انتخاب توالی تا ارزیابی پرایمر آموزش میدهد.
پژوهشگری که باید اطلاعات ژن و توالی را استخراج کند
اگر برای مقاله، طرح پژوهشی یا فعالیت آزمایشگاهی به اطلاعات معتبر ژن، ترنسکریپت مرجع، موقعیت ژنومی و توالی نیاز دارید، کار با NCBI، Ensembl و پایگاههای مرتبط را تمرین میکنید.
فردی که میخواهد نتایج توالییابی سنگر را بررسی کند
اگر با فایلها و نتایج توالییابی سنگر سروکار دارید و میخواهید کیفیت توالی، تطبیق با مرجع و تغییرات احتمالی را بررسی کنید، مسیر تحلیل مقدماتی را بر پایه پروندههای واقعی یاد میگیرید.
دانشجوی علوم زیستی که قصد ورود اصولی به بیوانفورماتیک را دارد
اگر در رشتههای ژنتیک، زیستشناسی، بیوتکنولوژی، علوم آزمایشگاهی یا حوزههای مرتبط تحصیل میکنید، این دوره یک مسیر عملی برای ورود به مفاهیم و ابزارهای پایه بیوانفورماتیک فراهم میکند.
فردی که برای دورههای پیشرفته بیوانفورماتیک آماده میشود
اگر قصد دارید در ادامه وارد تحلیل دادههای NGS، RNA-Seq، برنامهنویسی یا پروژههای پیشرفته شوید، این دوره مبانی پایگاههای داده، توالی و تحلیل اولیه را بهعنوان زیرساخت مسیر پیشرفته تقویت میکند.
پیشنیاز واقعی شرکت در دوره بیوانفورماتیک مقدماتی
برای حضور در این دوره نیازی به گذراندن یک دوره مشخص بهعنوان پیشنیاز اجباری ندارید؛ اما آشنایی مقدماتی با چند مفهوم پایه کمک میکند مطالب و تمرینهای عملی را بهتر دنبال کنید.
چه دانشی برای استفاده بهتر از دوره توصیه میشود؟
آشنایی اولیه با مفاهیم زیر کافی است و لازم نیست پیش از ثبتنام، در همه آنها تسلط کامل داشته باشید.
پس از پایان دوره چه کارهایی میتوانید انجام دهید؟
خروجی این دوره فقط آشنایی نظری با ابزارها نیست. هر مهارت در تمرینهای حین دوره و پروژه پایانی بهصورت عملی، قابل مشاهده و قابل ارزیابی اجرا میشود.
یافتن رکورد صحیح ژن
رکورد معتبر ژن، موقعیت ژنومی و ترنسکریپت مرجع مناسب را در پایگاههای داده پیدا و از رکوردهای مشابه تفکیک میکنید.
استخراج توالی FASTA
توالی موردنیاز را از رکورد صحیح دریافت کرده و فایل FASTA مناسب هدف پژوهشی را استخراج و ذخیره میکنید.
تشخیص انواع توالی
تفاوت توالی ژنومی، mRNA، CDS و نواحی غیرترجمهشونده را تشخیص داده و توالی متناسب با نوع آزمایش را انتخاب میکنید.
طراحی پرایمر برای هدف مشخص
براساس ناحیه هدف، کاربرد آزمایش و طول محصول موردنظر، جفت پرایمر مناسب PCR یا توالییابی سنگر طراحی میکنید.
ارزیابی اختصاصیت با Primer-BLAST
اختصاصیت جفت پرایمر را بررسی کرده و نتایج Primer-BLAST را برای انتخاب پرایمر مناسب تفسیر میکنید.
تحلیل نتایج BLAST
نتایج جستوجوی توالی را براساس Identity، Query Cover، Alignment و E-value مقایسه و تفسیر میکنید.
بررسی کروماتوگرام سنگر
کیفیت پیکها، نواحی قابلاعتماد و تغییرات احتمالی را بررسی کرده و نتیجه را با توالی مرجع مقایسه میکنید.
بررسی Off-target و انتخاب پایگاه مناسب
تطابقهای ناخواسته احتمالی را بررسی کرده و براساس نوع نمونه و هدف آزمایش، پایگاه داده مناسب برای جستوجو را انتخاب میکنید.
معیار موفقیت در این دوره، انجام کار است؛ نه فقط مشاهده آموزش
این مهارتها در تمرینهای حین کلاس و پروژه پایان دوره مبتنی بر پروندههای واقعی بیماران ارزیابی و تثبیت میشوند.
سرفصلهای دوره بیوانفورماتیک مقدماتی
محتوای دوره در شش ماژول پیوسته تنظیم شده است؛ از شناخت دادهها و پایگاههای ژنتیکی شروع میکنید و در ادامه به طراحی پرایمر، اجرای BLAST و تحلیل مقدماتی توالییابی سنگر میرسید.
ماژول اول مبانی بیوانفورماتیک و مسیر تحلیل ۴ سرفصل
- بیوانفورماتیک چیست و چه کاربردی دارد؟
- آشنایی با انواع دادههای زیستی
- آشنایی با فرمتهای رایج توالی
- مسیر کلی جستوجو، استخراج و تحلیل داده
ماژول دوم پایگاههای داده ژنتیکی ۵ سرفصل
- کار با NCBI Gene
- آشنایی با Nucleotide و RefSeq
- جستوجوی اطلاعات ژن در Ensembl
- کار با UCSC Genome Browser
- آشنایی با پایگاههای واریانت و پلیمورفیسم
ماژول سوم جستوجو و استخراج توالی ۴ سرفصل
- انتخاب transcript مناسب و معتبر
- دریافت و ذخیره توالی با فرمت FASTA
- بررسی exon، CDS و UTR
- مقایسه رکوردهای ژنومی و رونویسی
ماژول چهارم طراحی و ارزیابی پرایمر ۷ سرفصل
- پارامترهای اصلی طراحی پرایمر
- انتخاب طول مناسب محصول
- بررسی دمای ذوب و درصد GC
- ساختارهای ثانویه و primer-dimer
- طراحی و بررسی با Primer-BLAST
- کار با نرمافزار PerlPrimer
- ارزیابی اختصاصیت و اتصالهای ناخواسته
ماژول پنجم اجرای BLAST و تفسیر نتایج ۶ سرفصل
- انتخاب نوع مناسب BLAST
- انتخاب پایگاه داده متناسب با هدف
- بررسی Query Cover
- تفسیر درصد Identity
- مفهوم و تفسیر E-value
- خواندن و تفسیر alignment
ماژول ششم تحلیل توالییابی سنگر ۵ سرفصل
- خواندن و بررسی کروماتوگرام
- کنترل کیفیت توالی و پیکها
- مقایسه نتیجه با توالی مرجع
- شناسایی تغییرات احتمالی توالی
- اصول اولیه ثبت و گزارش نتیجه
یادگیری با حل مسئله واقعی
در کاوش آموز فقط آموزش را تماشا نمیکنید. بعد از یادگیری هر مبحث، با تمرینهای عملی و پایگاههای داده واقعی کار میکنید تا مهارت جستوجو، استخراج، مقایسه و تفسیر اطلاعات بیوانفورماتیکی را بهصورت عملی به دست آورید.
استخراج و مقایسه اطلاعات دو واریانت در Ensembl
در این تمرین اطلاعات ژنومی، جمعیتی و بالینی دو واریانت را در Ensembl پیدا میکنید و با مفاهیمی مانند rsID، MAF و Clinical Significance در عمل آشنا میشوید.
بررسی ساختار ژن و Transcriptها در Ensembl
در این تمرین ساختار سه ژن مهم انسانی را بررسی میکنید و اطلاعاتی مانند نامهای دیگر ژن، موقعیت کروموزومی، Strand، طول ژن، Transcriptها، Canonical Transcript و تعداد Exon و Intron را استخراج و با یکدیگر مقایسه میکنید.
شیوه برگزاری و دسترسی به دوره
پیش از ثبتنام، جزئیات مربوط به تعداد جلسات، شیوه حضور، دسترسی به محتوای آموزشی، تمرینها، پروژه پایانی و پشتیبانی دوره را در یک نگاه بررسی کنید.
| ویژگی دوره | توضیحات |
|---|---|
|
نوع دوره
|
حضوری |
|
مدت آموزش
|
۱۰ جلسه دو ساعته؛ در مجموع ۲۰ ساعت آموزش حضوری |
|
سطح دوره
|
مقدماتی و مناسب ورود اصولی به بیوانفورماتیک |
|
دسترسی به محتوای آموزشی
|
دارد |
|
مدت دسترسی
|
دسترسی همیشگی به محتوای آموزشی دوره |
|
تمرینهای دوره
|
بیش از ۳۰ تمرین عملی و مرحلهای در طول دوره |
|
پروژه پایان دوره
|
دارد |
|
پشتیبانی
|
سه ماه پشتیبانی آموزشی؛ مسیر ارتباطی دقیق هنگام ثبتنام اعلام میشود. |
|
گواهی پایان دوره
|
گواهی پایان دوره از مرکز ژنتیک پزشکی دکتر زعیمی |
|
تجهیزات موردنیاز
|
همراه داشتن لپتاپ شخصی برای انجام تمرینهای عملی |
مسیر یادگیری بیوانفورماتیک در کاوشآموز
یادگیری بیوانفورماتیک در کاوشآموز در سه سطح طراحی شده است. ابتدا مهارتهای پایه کار با ژن و توالی را میآموزید و سپس متناسب با هدف خود وارد تفسیر بالینی واریانتها یا تحلیل دادههای بیان ژن میشوید.
بیوانفورماتیک مقدماتی
از جستوجوی ژن تا طراحی پرایمر و تحلیل توالی
در این مرحله با پایگاههای داده ژنتیکی، رکوردهای ژن و توالی، طراحی و بررسی پرایمر، BLAST و تحلیل مقدماتی نتایج توالییابی سنگر آشنا میشوید.
مهارتهایی که در این مرحله اضافه میشوند:- جستوجوی ژن و ترنسکریپت مرجع
- استخراج و مقایسه توالیهای ژنتیکی
- طراحی و ارزیابی اختصاصیت پرایمر
- اجرای BLAST و تفسیر شاخصهای اصلی
- بررسی مقدماتی کروماتوگرام سنگر
بیوانفورماتیک پیشرفته ۱
تفسیر WES، تحلیل واریانت و استاندارد ACMG
در این مرحله از تحلیل توالیهای منفرد عبور میکنید و وارد فرآیند بررسی پرونده بیمار، تفسیر واریانتهای حاصل از WES، تحلیل ژن–فنوتیپ و تهیه گزارش بالینی میشوید.
مهارتهایی که در این مرحله اضافه میشوند:- پروندهخوانی و استخراج فنوتیپهای بیمار
- جستوجو و اولویتبندی واریانتهای WES
- بررسی ارتباط ژن، بیماری و الگوی توارث
- طبقهبندی واریانت براساس معیارهای ACMG
- تنظیم گزارش مقدماتی تفسیر واریانت
بیوانفورماتیک پیشرفته ۲
تحلیل بیان ژن، Microarray و شبکههای زیستی
در این مرحله با انتخاب دادههای بیان ژن، تحلیل Microarray، شناسایی ژنهای دارای بیان تفاضلی و تفسیر مسیرها و شبکههای ژنی و پروتئینی آشنا میشوید.
مهارتهایی که در این مرحله اضافه میشوند:- انتخاب Dataset مناسب از پایگاه GEO
- تحلیل اولیه دادهها با GEO2R
- شناسایی و تفسیر ژنهای با بیان تفاضلی
- تحلیل Gene Ontology و مسیرهای KEGG
- تحلیل شبکههای ژنی و پروتئینی و Hub Genes
برای انتخاب مرحله بعد، هدف پروژه خود را در نظر بگیرید
برای فعالیت در تفسیر واریانت و ژنتیک پزشکی، مسیر پیشرفته ۱ مناسبتر است. برای تحلیل بیان ژن، Microarray، مسیرهای زیستی و پروژههای پژوهشی، مسیر پیشرفته ۲ را بررسی کنید.
تجربه دانشجویان از آموزشهای کاوشآموز
این بازخوردها توسط شرکتکنندگان دورههای ژنتیک، سیتوژنتیک، زیستشناسی مولکولی و بیوانفورماتیک ارسال شدهاند. متنها با ویرایش جزئی نگارشی و حفظ مفهوم اصلی پیامها در کنار تصویر رضایتمندیها قرار گرفتهاند.
سختترین مفاهیم به شیرینترین لحظات یادگیری تبدیل شدند
از استاد گرانقدری که این درس را با عشق، دقت و مثالهای بالینی تدریس میکنند، بینهایت سپاسگزارم. تسلط ایشان بر کروموزومها، ژن ها و تفسیر ناهنجاریها و جهش ها باعث شد سختترین مفاهیم، به شیرینترین لحظات یادگیری تبدیل شوند.
رضایت از تدریس، پشتیبانی و امکانات آموزشی
من در دورههای مولکولی و بیوانفورماتیک کاوش شرکت کردم و بسیار راضی بودم؛ هم از لحاظ تدریس، هم از لحاظ پشتیبانی و هم از نظر امکانات آموزشی. واقعاً فوقالعاده بود. از وقتی که برای آموزش گذاشتید و دورههای خوبی که برگزار کردید، ممنونم.
تجربهای مفید برای ادامه مسیر علمی و دانشگاهی
تسلط خانم دکتر بر موضوع و نحوه انتقال مفاهیم پیچیده به زبان ساده، از نقاط قوت برجسته این کلاس هست و همچنین کلاس خیلی جذاب و خستگی ناپذیر بود و هم دقیقا همان چیزهایی را یاد گرفتم که در بازارکار لازم دارم. برای هرکسی که به دنبال ارتقای سطح خود در این حوزه است، این دوره را با اطمینان قلبی پیشنهاد می کنم.
دید گستردهتر و کاربردیتری نسبت به علم ژنتیک پیدا کردم
شرکت در این دورهها را به همه افرادی که به ژنتیک علاقه دارند پیشنهاد میکنم. نحوه تدریس و انتقال مفاهیم فوقالعاده است و مباحث ژنتیک به شکلی ساده، قابلفهم و در عین حال عمیق آموزش داده میشوند. علاوه بر مطالب تخصصی، دید گستردهتر و کاربردیتری نسبت به علم ژنتیک پیدا کردم.
پرسشهای متداول دوره بیوانفورماتیک مقدماتی
پاسخ پرسشهای پرتکرار درباره سطح دوره، پیشنیازها، طراحی پرایمر، تمرینها، پشتیبانی، گواهی و دسترسی به محتوای آموزشی را پیش از ثبتنام بررسی کنید.
آیا برای شرکت در دوره به برنامهنویسی نیاز دارم؟
خیر. برای شرکت در این دوره به دانش Python، R، لینوکس یا زبان برنامهنویسی دیگری نیاز ندارید. آموزشها بر استفاده عملی از پایگاههای داده، ابزارهای تحت وب و نرمافزارهای مقدماتی بیوانفورماتیک متمرکز هستند.
آیا دوره برای افراد کاملاً مبتدی مناسب است؟
بله. آموزش از مفاهیم پایه و مسیر جستوجوی اطلاعات ژنتیکی آغاز میشود. برای استفاده بهتر از دوره، آشنایی اولیه با DNA، RNA، ژن، PCR و توالییابی توصیه میشود؛ اما تسلط قبلی بر بیوانفورماتیک لازم نیست.
آیا آموزش طراحی پرایمر در دوره عملی است؟
بله. طراحی پرایمر بهصورت مرحلهبهمرحله و عملی انجام میشود. شرکتکننده برای یک ناحیه مشخص، پرایمر طراحی میکند و مواردی مانند طول محصول، دمای ذوب، درصد GC، ساختار ثانویه، primer-dimer و اختصاصیت را بررسی میکند.
ارزیابی اختصاصیت پرایمر نیز با Primer-BLAST انجام میشود.
چه پایگاهها و نرمافزارهایی آموزش داده میشوند؟
ابزارها و پایگاههای اصلی دوره شامل موارد زیر هستند:
- NCBI Gene، Nucleotide و RefSeq
- Ensembl و UCSC Genome Browser
- پایگاههای واریانت و پلیمورفیسم
- BLAST و Primer-BLAST
- PerlPrimer و ابزارهای بررسی توالی
تفاوت این دوره با دورههای بیوانفورماتیک پیشرفته چیست؟
این دوره بر مبانی کار با ژن، توالی، پایگاههای داده، طراحی پرایمر، BLAST و تحلیل مقدماتی توالییابی سنگر تمرکز دارد.
در دورههای پیشرفته، موضوعاتی مانند تفسیر واریانتهای WES، معیارهای ACMG، تحلیل بیان ژن، Microarray و شبکههای زیستی دنبال میشوند.
برای مشاهده مسیر کامل، به بخش مسیر یادگیری بیوانفورماتیک در کاوشآموز مراجعه کنید.
آیا تمرینهای دوره بررسی میشوند؟
تمرینهای عملی در طول جلسات حضوری با راهنمایی مدرس انجام و بررسی میشوند. نحوه تحویل، بازخورد و ارزیابی تمرینهای خارج از کلاس و پروژه پایانی نیز در شروع دوره به شرکتکنندگان اعلام میشود همچنین در طول دوره حتی 3 ماه پس از آن شما یک پشتیبان دائم خواهید داشت که در تمام مشکلات با شما خواهد بود.
پشتیبانی دوره چگونه انجام میشود؟
شرکتکنندگان پس از پایان جلسات از سه ماه پشتیبانی آموزشی برخوردار هستند. مسیر ارتباطی، شیوه ارسال پرسش و زمان پاسخگویی در زمان ثبتنام یا شروع دوره بهطور دقیق اعلام میشود.
دسترسی به محتوای آموزشی دوره تا چه زمانی فعال است؟
دسترسی شرکتکنندگان به محتوای آموزشی دوره همیشگی است؛ بنابراین پس از پایان جلسات نیز میتوانید برای مرور مطالب به محتوای در دسترس دوره مراجعه کنید.
گواهی پایان دوره توسط چه مجموعهای صادر میشود؟
گواهی پایان دوره توسط مرکز ژنتیک پزشکی دکتر زعیمی صادر میشود. شرایط دریافت گواهی و الزامات حضور یا انجام پروژه در شروع دوره توضیح داده خواهد شد.
آیا این دوره برای انجام پایاننامه مناسب است؟
برای دانشجویانی که در پایاننامه خود به جستوجوی اطلاعات ژن، انتخاب transcript، استخراج توالی، طراحی پرایمر، BLAST یا بررسی مقدماتی توالییابی سنگر نیاز دارند، دوره کاربردی است.
این دوره جایگزین مشاوره تخصصی تمام مراحل پایاننامه یا تحلیلهای پیشرفته آماری و NGS نیست.
آیا تحلیل NGS در این دوره آموزش داده میشود؟
خیر. تحلیل کامل دادههای NGS، WES، RNA-Seq و پایپلاینهای محاسباتی در سرفصل این دوره مقدماتی قرار ندارد. برای تفسیر واریانتهای WES یا تحلیل دادههای بیان ژن باید دورههای پیشرفته مرتبط را بررسی کنید.
برای شرکت در دوره به لپتاپ خاصی نیاز است؟
خیر. یک لپتاپ معمولی که مرورگر بهروز داشته باشد و امکان اتصال به اینترنت و نصب نرمافزارهای موردنیاز روی آن وجود داشته باشد کافی است. کارت گرافیک یا سختافزار پردازشی حرفهای برای تمرینهای این دوره لازم نیست.
بیوانفورماتیک را با یک مسیر واقعی شروع کنید
از جستوجوی اطلاعات ژن تا طراحی پرایمر و تحلیل توالی، مهارتهایی را یاد بگیرید که در پروژههای ژنتیک و زیستشناسی مولکولی واقعاً به آنها نیاز دارید. برای ثبتنام یا دریافت راهنمای انتخاب دوره، فرم همین بخش را تکمیل کنید.
اطلاعات خود را همینجا ثبت کنید
پس از ارسال فرم، درخواست در سایت ذخیره میشود و همزمان برای تیم پیگیری کاوشآموز در بله ارسال خواهد شد.